El Programa de Doctorado en Ciencias Humanas y Sociales tiene como objetivos fundamentales la contribución al conocimiento científico, a la innovación y al desarrollo en el ámbito de las Ciencias Humanas y Sociales del entorno de la Universidad de Almería, y del ámbito regional, así como contribuir a la proyección internacional de esta institución mediante el desarrollo de sus líneas de investigación y la formación de doctores relacionados con los avances de sus disciplinas científicas, mediante la consolidación de redes de investigación y de formación superior en Ciencias Humanas y Sociales a escala autonómica, nacional e internacional, tanto en investigación básica como en investigación aplicada.
Asimismo, el Programa de Doctorado se relaciona directamente con el Centro para el Estudio de las Migraciones y las Relaciones Interculturales (CEMyRI) de la Universidad de Almería y persigue ofrecer una formación para la investigación útil para el desarrollo de iniciativas sociales y políticas en los ámbitos de las migraciones, de la lucha contra la pobreza y la exclusión, de la gestión de la diversidad cultural y humana o multiculturalismo, y de diversas iniciativas de acción social.
En la actualidad hay en las universidades andaluzas una tendencia similar a la experimentada en la Universidad de Almería a la concentración de los antiguos programas de doctorado en Ciencias Humanas y Sociales, como consecuencia de las sucesivas adaptaciones a las disposiciones legales.