Análisis de Ácidos Nucleicos

Dotación experimental

• Analizador genético de 8 capilares AB Hitachi 3500.
• Termocicladores: GeneAmp PCR System 9700 y Veriti 96 Well Thermal Cycler de Applied Biosystems, MyGo-Pro y CFX96TM Real-Time System BIO-RAD.
• Cabinas de PCR: SCIE-PLAS y Telstar Mini-V/PCR
• Bioanalizador Agilent 2100.
• Fluorómetro Qubit 2.0 y espectrofotométro UV visible Thermo ScientificTM NanoDropTM 2000.
• Liofilizador CRYODOS V3.1-50.
• Concentrador de muestras Concentrator 5301, Eppendorf.
• Centrífugas: Hettich MIKRO 220R y Themo Scientific SORWALL ST 8R.
• Autoclave JP-SelectaTM Vertical Stand.
• MP BiomedicalsTM FastPrep-24TM 5G
• Ultracongelador –86 0C HERA freeze, Heraeus.

Prestaciones

• Secuenciación de ADN: El servicio de Secuenciación de ADN de la Universidad del Almería (SSA) está actualmente equipado con un analizador genético capilar AB 3500 (Life Technologies). En las reacciones se utiliza el kit Big Dye Terminator versión 3.1, realizándose el análisis en capilares largos que permiten la obtención de secuencias de unos 900 nucleótidos. Las muestras de ADN pueden ser plásmidos o fragmentos de ADN obtenidos mediante PCR. Para la secuenciación se pueden utilizar los cebadores universales disponibles en el servicio o cebadores específicos suministrados por el usuario.
• Análisis de fragmentos: El análisis se lleva a cabo con el analizador genético AB 3500, y en él se desarrolla la separación y comparación de fragmentos de ADN basada en tamaño, con múltiples aplicaciones en el estudio de marcadores moleculares de tipo microsatélites, AFLPs, STRs, VNTRs, etc.
• RT-PCR: El servicio de PCR a “tiempo real” está equipado con MyGo-Pro y CFX96TM Real-Time System BIO-RAD que permiten el seguimiento de la reacción de PCR tanto con SYBRGreen como con Sondas Taqman®.
• Aislamiento y cuantificación de ADN plasmídico: El aislamiento del plásmido es llevado a cabo mediante kits comerciales, mientras que la cuantificación se realiza mediante métodos espectrofotométricos.
• Purificación y cuantificación de productos de PCR: La purificación se lleva a cabo mediante columnas específicas disponibles en kits comerciales, y la cuantificación mediante métodos espectrofotométricos.
• PCR: El usuario puede usar los oligonucleótidos cebadores disponibles en el Servicio de Secuenciación (Universal y Reverse), o puede utilizar cualquier cebador específico suministrado por él mismo siempre que tengan unas características determinadas.
• Metagénomica: Los análisis de metagenómica no se realizan en el Servicio, pero si el usuario/investigador lo estima oportuno, el Técnico Responsable se encargará de realizar la contratación de una empresa externa y de enviar los resultados en un formato sencillo y apto para su fácil comprensión. Las extracciones de ácidos nucleicos y la preparación de las muestras a enviar si será realizada en el Servicio.
• Uso del liofilizador: El liofilizador usado por el servicio de análisis de ácidos nucleicos es el CRYODOS V3.1-50, que alcanza una temperatura mínima de –50 ºC y una presión mínima de 0.050 mb.

Recepción de muestras

La entrega de muestras para secuenciación deberá realizarse cualquier día laborable entre las 9 y las 14 horas, bien a través de servicio de correo, o directamente en el edificio de Servicios Técnicos de la Universidad. Las muestras deberán ir acompañadas de una "hoja de solicitud de servicio", donde se especificarán las características de éstas. Se entregará también, si es el caso, el primer específico que se desee emplear en la secuenciación. Para solicitar información o contratar un servicio deberá hacerse mediante CAU, dirigido al Servicio de Gestión de Investigación (SGI).

Entrega de resultados

Los resultados se entregarán en un plazo de 4 días laborables a través de e-mail conteniendo el archivo con la secuencia y el cromatograma. Dicho archivo podrá visualizarse y editar utilizando el programa Chromas. Una vez entregados los resultados, el servicio guardará el DNA un periodo de 2 meses y los ficheros de las secuencias se guardarán 6 meses. Pasado ese tiempo serán eliminados.